自2014年9月开港以来，南沙三期码头陆续开通天津、青岛、日照、营口、钦州等超过15条内贸航线，服务范围覆盖珠三角、长三角以及环渤海三大经济区域，进一步加强广州与三大经济区域之间的贸易往来，同时通过海运、陆运运输将货物转至全国各地，形成完善快捷的物流网络。
截至2022年，南沙三期码头运营外贸航线超过75条，依托“一带一路”和粤港澳大湾区战略交汇点、联通国内国际两个市场的突出优势，航线遍布亚洲，直通欧洲、美洲、非洲和大洋洲，与世界30多个国家和地区的80多个港口建立贸易往来关系，为国内外客户提供便捷的海运物流服务。
目前南沙三期码头已有6个20万吨级泊位和24个2千吨级驳船泊位投入使用，可满足6艘班轮同时挂靠。
