·口岸环境
南沙港区经过多年发展，已形成包括海关、海事、边检、集中查验中心、南沙国际物流园区在内的口岸单位，完善了南沙港区口岸通关环境。
广州市港务局是负责港口行政、水路运政、航道行政、水运工程质量监督管理等职责范围内的行政执法工作。贯彻执行国家、省、市有关港口、水路运输、航道管理的法律、法规、规章和方针政策，起草有关地方性法规、规章草案和政策措施并监督实施。依法保护和合理利用港口资源，研究制定港航发展战略，负责编制港口、航道、锚地等相关规划。
广州南沙海事处是广州海事局驻广州市南沙区的派出机构，主要职责为：贯彻和执行国家海洋管理、环境保护、水上交通安全、航海保障、船舶和水上设施检验等方面的法律、法规和规章，执行上级制定的规定和制度。按照授权，具体负责辖区船舶安全检查、国际航行船舶进出口岸查验、国内航行船舶进出港报告管理、船舶载运危险货物及其他货物安全监督、靠泊安全监督、防治船舶污染水域等现场监督执法工作。承担授权范围内的船员管理工作。具体负责辖区通航环境管理与通航秩序维护的现场监督执法、船舶防台和水上搜救的现场组织工作；按照管理权限，具体负责辖区水上交通事故、船舶污染事故、水上交通违章案件的调查处理工作。具体负责本辖区规费征收以及其他综合性管理工作。
南沙海关成立于2009年3月25日，辖区范围为广州市南沙区，辖区面积803平方公里，辖内共有13个一类开放口岸码头，13个海关监管作业场所，5个指定作业场地。主要监管业务涵盖国际航行船舶及来往港澳小型船舶监管、海运货物监管、内河及陆路转关运输货物监管，进出境旅客监管及跨境电商、快件行邮物品监管等。从港澳小型船舶码头到大型国际集装箱港口，从加工贸易监管到跨境电子商务，从旅检客运口岸到南沙综合保税区等特殊监管区域，南沙海关业务种类一应俱全。从港澳小型船舶码头到大型国际集装箱港口，从加工贸易监管到跨境电子商务，从旅检客运口岸到南沙综合保税区等特殊监管区域，南沙海关业务种类一应俱全。
2017年平行汽车到港数量首次突破1万台，成为全国第二大平行汽车进口口岸。外贸发展稳中提质。2019年，南沙区外贸进出口总值占同期广州市外贸进出口总值的21.4%。粤港澳大湾区航运物流枢纽基本成型。2019年，新开外贸航线8条，与世界100多个国家和地区的400多个港口有海运贸易往来。
南沙出入境边防检查站下设办公室、政治处、边检处三个职能部门和5个副处级警队，担负南沙客运港、南沙邮轮母港、南沙货运港区12个一类码头、5个二类码头和3个临时开放点的出入境人员及船舶的边防检查和监护任务，辖区内码头泊位62个，船坞2个。南沙边检站设立便民办事窗口，受理出入境记录查询、船舶进出境手续、各类证件申请办理等边检业务，高效服务驻地群众受到了广泛的好评。
随着口岸单位的日渐完善，广州港南沙港区集中查验中心肩负起南沙港区货物统一检验查验的场所，中心由广州港集团货运有限公司统一管理，占地面积17.3万平方米。
·营商环境
南沙口岸营商环境优越，湾区一港通”、WGO及组合港运作模式，实现南沙港区与云浮、肇庆等湾区内河码头口岸无缝衔接；南沙港铁路的正式开通，南沙港区正式打通海公铁联运的“最后一公里”，海陆空铁多式联运体系已全面构建。
货物进出口通关持续优化，口岸单位持续推进跨境贸易便利专项行动措施常态化，推广应用进口货物电子提货单、设备交接单，实现全流程无纸化作业。出口货物“一次申报、一次查验、一次放行”模式，实现进口出口转关货物手续一次办结，创新“以南沙保税港区为离境港的水运货物实行启运港退税政策，强化南沙枢纽港功能。
